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揭示人體*為常見的DNA突變?nèi)绾伟l(fā)生
變形器(shape-shifter)并不僅是科幻的東西,它們是真實的,而且它們存在于我們的DNA中。
在一項新的研究中,研究人員描述了人類DNA中的兩個通常不匹配的堿基---鳥嘌呤(G)和胸腺嘧啶(T)---如何能夠改變形狀,從而在DNA螺旋“梯子”上形成一個不顯眼的橫檔。這允許它們通過躲避身體對基因突變的天然防御而存活下來。相關(guān)研究結(jié)果于2018年1月31日在線發(fā)表在Nature期刊上,論文標題為“Dynamic basis for dG?dT misincorporation via tautomerization and ionization”。
論文共同通信作者、俄亥俄州立大學化學與生物化學教授ZucaiSuo解釋道,“當這兩個堿基偶然形成氫鍵時,它們起初匹配得并不很好。它們從DNA螺旋上突出來,因此在正常情形下,用于復制DNA的酶很容易檢測到它們并進行修復。但是有時,在被檢測出來之前,它們就改變形狀,就好像是這兩個堿基彼此間進行“修復”一樣,因此它們能夠像正常的堿基對那樣配對并逃避DNA修復機制。
Suo說,“它們是壞人,但是它們假裝自己是個好人,從而存活下來。”
這一發(fā)現(xiàn)為其他類型的DNA突變研究提供了基礎(chǔ),其中這些類型的突變導致**以及正常的老化,甚至進化。
組成DNA的四個堿基有它們各自的大小和形狀,應當以正確的方式配對在一起。腺嘌呤(A)總是與胸腺嘧啶(T)配對,胞嘧啶(C)總是與鳥嘌呤(G)配對。這兩種“沃森-克里克”堿基配對---A-T和C-G---組成我們所知道的所有生命的DNA序列。但是,如果G以某種方式與T錯配,那么這將是一個突變。
事實上,G-T突變是人類DNA中***為常見的突變。在每10000~100000個堿基對中,這種突變就出現(xiàn)一次。這聽起來不是很多,但是你要考慮到人類基因組含有30億個堿基對。
科學家們想要理解突變是如何發(fā)生的,以便更好地理解由它們引起的很多**,如癌癥。這項新的研究提供了重要的信息,以便人們能夠在這個領(lǐng)域繼續(xù)向前取得新的進展。
盡管科學家們長期以來一直在猜測為了類似于正常的G-C或A-T ,G-T錯配會改變形狀,這種現(xiàn)象之前從未被直接觀察到。直到在Hashim M. Al-Hashimi領(lǐng)導下,杜克大學生物化學家利用一種核磁共振成像揭示出這些沃森-克里克類似的G-T錯配在所謂的“裸露的”DNA中形成。
不過,存在的一個問題是G-T錯配如何存在。這就是為何Al-Hashimi與Suo聯(lián)系,并請求他協(xié)助確定背后的生化機制。
Al-Hashimi說,“一個有趣的問題是:是什么決定了活的有機體中的突變率。從那里,我們能夠開始理解提高錯配的特定條件或環(huán)境應激因素?!?/span>
Suo和博士生Walter Zahurancik利用DNA聚合酶(一種復制DNA的酶)將G-T錯配插入到DNA鏈中。通過在不同的時間里中止這種酶促化學反應并分析形成的DNA分子,他們能夠測量這種聚合酶如何高效地形成G-T錯配。
Al-Hashimi和Suo一起確定G和T堿基會配對,但是以一種從DNA螺旋中突出來的異常方式進行配對。然后,在不到一秒的時間里,這兩個堿基會重排它們的化學鍵,這樣它們就能夠快速地產(chǎn)生一個正常的堿基對的形狀,并誘騙這種聚合酶完成這種化學反應。
總之,它們進行偽裝,從而使得酶在DNA復制和修復期間不太可能將它們檢測出來。
這種突變能夠存活下來是一個真正的壯舉,這是因為它必須克服一些基本的物理學限制。堿基以某種方式配對源自于它們的原子中的質(zhì)子和電子的排列方式。堿基配對需要一定的能量,*簡單、*節(jié)能的配對是“正確的”堿基配對,即A-T和C-G。
實際上,G-T配對必須克服能量障礙才能形成和自我維持。事實證明當G和T堿基改變形狀時,它們讓它們自己更加節(jié)能---盡管效率仍然比正常的堿基配對要低,但也足夠高效。
接下來,這些研究人員將試圖利用另一種不太常見的突變(A-C錯配)開展類似的實驗。
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