1. 以20 uL的qPCR反應體系為例:在一干凈的PCR管中,加入下列成分:
反應體系成分
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20 uL體系
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終濃度
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qPCR MagicMix,2×
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10 uL
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1×
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自備引物一a
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x uL
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0.1-0.5 uM
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自備引物二a
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x uL
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0.1-0.5 uM
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自備模板a
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x uL
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自備ROXb
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2 uL
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(可以不加)
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補超純水到
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20 uL
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放入熒光PCR儀中進行擴增, 并在退火或延長步驟中記錄熒光信號。
注意:
a) 通常引物濃度以0.2 μM可得到較好結(jié)果,可以終濃度0.1-1.0 μM作為設定范圍的參考;通常DNA模板的量以10-100 ng基因組DNA或1-10 ng cDNA為參照,因不同物種的模板中含有的目的基因拷貝數(shù)不同,可對模板進行梯度稀釋,以確定*佳的模板使用量。
b) ROX 校正染料:如果使用ABI公司的7500,7700和7900三種型號的熒光PCR儀器,則需用自備的ROX進行Ct值校正。對ABI 7700和7900,ROX的*佳濃度為1×(即在每20 uL 反應體系中加2 uL 10×ROX)。對ABI 7500, ROX的*佳濃度為0.05-0.1×(每20 uL 反應體系加0.1-0.2 uL 10×ROX;也可將10×ROX稀釋到1×,然后每個反應體系加入1-2 uL 1×ROX)。ROX會在溶解曲線中產(chǎn)生噪音,因此,如果出現(xiàn)了雜峰,將軟件中“Passive Reference Dye”中的“ROX”選項取消打勾,然后重新分析數(shù)據(jù)。
對于iCycler IQ,MJ Opticon,MJ Chromo4,MX3000,MX4000, RotorGene3000,RotorGene 6000 和 LightCycler 480等型號的熒光PCR儀器,ROX不是必須的,但加入的話也不會影響整個PCR分析。
2. 循環(huán)步驟:根據(jù)擴增子的性質(zhì)和儀器性能,從以下三個過程中任選一個進行擴增。
A:兩步快速循環(huán)法:適用于引物Tm值設計為60℃的反應
循環(huán)步驟
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溫度
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時間
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循環(huán)數(shù)
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酶活化
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95℃
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10 min
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1
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變性
退火&延伸
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95℃
60℃
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15 s
1 min
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35-40
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注意:本產(chǎn)品所采用的熱啟動酶須在預變性95℃、10 min條件下實現(xiàn)酶的活化。退火溫度請以60-64℃作為設定范圍的參考,發(fā)生非特異性反應時,可提高退火溫度。
B:三步快速循環(huán)法:適用于延伸步驟溫度高于退火步驟的PCR(長引物PCR)
循環(huán)步驟
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溫度
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時間
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循環(huán)數(shù)
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酶活化
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95℃
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10 min
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1
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變性
退火
延伸
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95℃
56-64℃d
72℃e
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10 s*
30 s
32 s
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35-40
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注意:
a) 退火溫度:建議采用兩步法PCR,退火溫度60℃進行反應。若提高反應特異性,可提高退火溫度,以60-64℃作為設定范圍的參考。若因使用Tm值較低的引物等原 因,得不到良好的實驗結(jié)果時,可嘗試進行三步法PCR擴增,三步法的退火溫度請以56℃-64℃的范圍作為設定參考。延伸溫度:延伸溫度設為72℃通常可以提高擴增效率。但是,對于AT含量大于70%的擴增子來說,延伸溫度設為60℃為宜。
C:通用循環(huán)法:這種循環(huán)方法適用于幾乎所有的熒光PCR儀,也適用于用快速循環(huán)法不能擴增的模版。
循環(huán)步驟
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溫度
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時間
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循環(huán)數(shù)
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酶活化
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95℃
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10 min
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1
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變性
退火&延伸
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95℃
60℃
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15 s
60 s
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35-40
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3. 數(shù)據(jù)采集
具體操作按所用儀器推薦的流程進行。本產(chǎn)品中所含的熒光染料在沒結(jié)合DNA時,*大吸收光譜在471nm,結(jié)合DNA時的*大吸收光譜在500nm,*大發(fā)射光譜在530nm。
其他注意事項:
1. 如果使用iCycler,可以不加入FAM。
2. 如果使用Roche LightCycler的玻璃毛細管進行PCR,需加入終濃度為0.5mg/mL的自備BSA。
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